„ ... es gibt da eine Vorschrift, wonach man zehn Jahre nach der Verurteilung eines Priesters die Akten zu vernichten hat. Darüber hatte man uns im Unklaren gelassen, dass es das gibt. Auch die Öffentlichkeit war darüber nicht informiert worden, denn vereinbart ist im Vertrag eine Aktenanalyse bis zum Jahr 1945 rückgehend.“
Nach den Vortests im Erzbistum München und Freising zwecks Erarbeitung der Fragebögen, wurden diese detaillierten Datenerfassungsbögen dem kirchlichen Beratungsgremium vergestellt. Die Reaktion der katholischen Kirche war darauf hin die Einleitung ihres Rückziehers zur Aufklärung der Missbrauchsfälle:
„ ...da wurde dann in den Beratungssitzungen des Beirats klar, als der Vertreter der Münchener Diözese dann sagte, es reicht nicht aus, dass wir hier nur beraten dürfen, das muss ein Entscheidungsgremium werden, wir müssen die Kontrolle über alles haben, nur dann sind wir bereit, weiterhin mitzumachen...“
Das Erzbistum München und Freising hat dann einen neuen Vertragsentwurf aufgesetzt, durch den die Kirche alles an der Studie wie oben beschrieben kontrollieren kann. Dieser Entwurf wurde dem KFN im Mai 2012 überreicht.
Eine schriftliche Anfrage des KFN vom Oktober 2012, offenzulegen ob und in welchem Umfang Akten vernichtet worden waren, blieb von kirchlicher Seite unbeantwortet. Die Vorschriften zur Aktenvernichtung waren wahrscheinlich nur in einigen Diözesen eingehalten worden. Für eine wissenschaftliche Arbeit musste zumindest das Ausmaß der Lücken in den Akten eingeschätzt werden, da die heutigen Akten nicht mehr in vollem Umfang die wahre Geschichte des Missbrauch in der katholischen Kirche Deutschlands wiedergeben. Auf die Anfragen hin habe Pfeiffer aber nur die Antwort erhalten, „dass alleine diese Anfrage das Vertrauen nachhaltig zerstört“ habe.[SUP]
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Schließlich berichtet Pfeiffer, habe man von ihm eine Schweigeverpflichtung verlangt:[SUP]
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„Im direkten Gespräch wurde mir das angekündigt, wenn wir nicht bereit sind, eine Schweigevereinbarung über all das, was hier gelaufen ist, zu unterzeichnen, dann würde es eben zur Kündigung kommen.“