Wenn überhaupt Variante 2, denn durch das Anbraten garst Du Nudeln und Gemüse (v.a. Zwiebel) vor, es wird leichter verdaulich und die Röststoffe sind obendrein Geschmacksgeber.
Ich würde Dir aber zu Variante 3 raten, weil Du doch recht gut fruchtest und das Rezept viel zu mächtig ist.
Brate die Schupfnudeln und das Gemüse in etwas Olivenöl an. In einer Schüssel beiseite stellen.
Nochmal etwas Olivenöl in die Pfanne, die gehackten Zwiebeln und Knobi anbraten lassen, pro Person 1/2 EL Tomatenmark zugeben, ebenfalls anrösten lassen. Mehl dazu, ebenfalls anrösten lassen. Salzen, pfeffern und andere Gewürze zufügen. Mit einem Schuß Weißwein (ersatzweise Brühe) ablöschen und mind. 3 Min. durchkochen lassen. Mit Milch aufgießen und nochmals durchkochen lassen.
Nudeln, Gemüse und Soße gut durchmischen und in eine Auflaufform geben. Frische Kräuter sind willkommen. Mit geraspeltem Käse überstreuen und den Käse mit einer Gabel leicht in die oberste Schicht einarbeiten.
Bei 140 Grad im Ofen ca. 20 Min. backen, dann für 7-10 Min. (je nach Gusto) 220 Grad Oberhitze oder 190 Grad Grill zuschalten.